本院的使命、願景及核心價值，係經監督團隊與經營團隊溝通討論形成共識而成，透過滿意度、需求調查、疾病分析及外部資訊與國家政策，瞭解病人、社區及員工的需要，並藉由「平衡計分卡」、「品質指標系統」、「雲端決策系統」、「行動醫療網」、「財務稽核制度」、「人資管理系統」與「智慧醫療創新科技」等經營及策略管理等工具，將民眾的需求透過「發展重症難症，落實雙向轉診」、「因應病人需求，研發創新醫療」、「因應老化趨勢，發展老人醫學」、「照護弱勢族群，實踐傳道醫療」、「運用資訊科技，提升服務品質」、「整頓院舍環境，優化醫療場域」、「培育永續人才，激發工作熱誠」，以及「加強財務管理，穩固財務基礎」八項營運策略的設定，規劃並落實短中長期計畫之執行，將醫療資源進行有效分配，達成精進醫療服務、提升醫療品質、確保病人安全、實踐照護弱勢、維持經營成效的發展目標。藉由功能式委員會及管理小組的設立，建置完備的經營管理機制，進行有效運作，落實監督執行、資源有效分配及提供病人真正需求的服務品質，實踐「以耶穌基督愛人如己、關懷弱勢之精神，提供民眾身、心、靈全人之醫治，以達成醫療傳道之宗旨」的使命。經營團隊堅持以「感恩」、「專注」、「熱誠」、「謙卑」、「信心」、「真愛」、「喜樂」、「真誠」、「創新」、「堅毅」、「寬容」及「分享」等十二項馬偕美德勇於面對環境挑戰，以創新的思維，持續開創符合病人需要的服務。
秉持「一切經營管理決策都要合乎馬偕醫院的核心價值」追求卓越發展與研發創新，經營管理相關之規劃與改善方案執行成效卓著，獲得中央與地方政府及民間單位的肯定。2020年榮獲國家防疫隊獎章 、國際醫療典範獎 ，2021年獲醫療事故關懷服務績優表揚機構團體組優等、外交之友貢獻獎 、防疫有功與貢獻良多獎，2022年榮獲健康醫院精進健康促進品質選拔標竿獎，2023年榮獲醫療財團法人辦理醫療法第46條規定事項績效卓著獎勵計畫之分類傑出獎~醫療社會服務獎及特色傑出獎~健康教育獎。
員工為本院最寶貴的資產。透過建置完整的人事管理制度、教育訓練計畫及職場支持系統，關心所有馬偕人的健康與福祉，使員工的權益、繼續教育及心聲得以受到應有的重視及合理的保障。
鼓勵員工參與院外各職系學會、繼續教育及研討會等課程，以強化員工於執行醫療專業服務之需求。具備醫事14職類職涯發展進階辦法，推派各職系人員分至歐美亞等國精進臨床技術短期進修與學位攻讀，持續推動TRM團隊訓練與各級主管領導培訓，培養永續發展的人才。
本院深刻體認「高品質服務源自於健康、滿意的員工」，為員工提供多元化的意見表達管道及心理支持系統。每年進行員工滿意度調查、並於醫院網頁提供院長信箱，協助處理員工對醫院及工作上的意見及建議。透過院牧部主持的「協談中心」及舉辦年度學習成長營活動，協助員工調適壓力，使其獲得心理支持及輔導。除此之外，員工福利促進會受理員工之申訴案件，協助員工排解並爭取應有之權益；疫情期間亦透過E-mail、馬偕醫家人Line@群組持續關懷員工。
致力營造友善職場環境，2022年設置員工子女托嬰中心與運動中心；2018~2020年連續獲Cheers雜誌新世代最嚮往企業TOP100調查排名前50名內，2021年獲健康職場認證之「健康促進標章」及「健康啟動標章」，與2022年國健署健康醫院「精進健康促進標竿獎」。
本院擁有縝密的資訊管理機制，透過系統規劃及系統維護兩大作業範疇，訂有各項資訊安全及緊急應變規範並於演習及常規中落實執行，持續致力於資訊安全及病人就醫隱私的確保。藉由完整的資訊介面串聯臨床及行政部門，建立完整防毒、防入侵機制，將外部攻擊及非法資訊存取情事降至最低。2013年通過ISO27001資訊安全管理認證並定期接受稽核，核心資通系統已導入CNS27001，並於2022年12 月經第三方認證專業審視下，通過ISO/IEC27001:2013續評，確保個人資料隱私及配合資通安全法相關規定，對醫療服務之資訊安全與服務品質的承諾。
同時，善用資訊與智能系統與設備聯繫院外相關業務機構：如衛福部EEC病歷交換架構、國民健康署癌篩資料定期上傳、健保署24小時影像及報告上傳、疾管署防疫雲、特約醫療機構如輔導西園建置電子病歷系統、遠距視訊健康照護平台、社區藥局釋出慢性處方箋、日間照護中心五家、安養中心院外醫療站…等多項連外服務，確保連續性照護，獲得民眾的肯定。
本院除注重一線醫護及行政人員之服務態度及應對外，尊重病人權利、提供病人適切的醫療服務，亦是本院最為關注的議題。本院建置醫療指標監測、醫令用藥警示、線上藥物查詢、臨床警示通報、手術部位辨識及異常事件通報作業等系統，藉此落實醫療品質與病人安全文化的提升。並定期進行區域內醫療資源分配之分析與順應政府衛生政策趨勢，掌握民眾之醫療服務需求，做為本院規劃新服務的重要參考依據。對於院內既有的服務，定期執行民眾醫療需求評估及病人滿意度調查，透過病人對問卷的回饋意見與建議，檢視並校正院內各項服務的作法。
近年來，逐步整修急診、病房、門診空間，擴充手術室與供應室，優化優化醫療場域。2022年通過心臟及肺臟移植手術醫院與醫師資格，致力發展器官移植。設置全方位精神照護中心、開設女性/銀髮/失智/中西醫復健整合門診，推展整合照護。執行中研院數位影像檢驗計畫、導入導航系統、發展癌症中西醫照護、推動心理腫瘤照顧、建置癌症暨細胞再生治療實驗室、運用資訊科技開發病人領航系統(結合癌症篩檢/診斷/復發/管理)，提供癌症病人全人照護。進行跨層級醫療支援，透過整合醫學照護病床運作，與多家醫院簽署急診綠色通道合作合約，改善急診病人滯留情形，落實雙向轉診。因應人口老化，設立老年醫學病房提供全人服務與醫學訓練，積極研發老人輔具，研發符合老人牙口之軟心肉排與蔬菜軟排並獲獎肯定。積極響應COVID-19防疫政策，隨疫情增設專責(加護)病房，最大量能專責病房計445床、專責加護病房計50床，不計代價投入工程與增加設備費用，提供病人完善照護、保障員工安全。經由以病人為中心的服務理念，本院先後獲得多項國家級品質標章認證、行政院衛生福利部核定醫學中心特優、並獲民間如遠見雜誌醫學中心服務品質第一等多項肯定。
本院醫療品質作業以持續性之品質改進(CQI)及全面性品質管理(TQM)為工作理念，各項品質活動以病人為中心研擬與改善。為提升病人安全及醫療品質，將醫品及病安活動轉化為適當指標有效管理，透過醫療品質指標計畫(Quality Indicator Project，簡稱QIP)、台灣臨床成效指標計畫(Taiwan Clinical Performance Indicator, TCPI)等外部指標計畫參與，與內部臨床照護指標推動檢討，持續精進品質。
依據衛福部年度病人安全工作目標，制定本院醫療安全計畫及年度工作計畫具體執行與定期監測，確保病人醫療安全。
持續積極參予各項院際間醫品病安活動，如醫策會、生策會SNQ國家品質標章，學習同儕寶貴經驗進而分享本院經驗。推動「醫病共享決策」（Shared Decision Making，SDM），累計建置71個輔助工具(PDA)及訂定10個明智選擇 (Choosing Wisely)指標主題，期能與病人、家屬共識最佳可行的治療方案。
2019~2023年共144團隊參與醫品病安活動，榮獲醫療品質、持續品質改善、特色中心、生策會SNQ認證、國內外品保認證共計74項，通過醫策會疾病照護品質認證計12項。