1965年創設協談中心，發展「生命線」、「平安線」電話協談，平均每年提供1.1萬人次抒發情緒及接受輔導，進而於1969年創立東南亞第一處「自殺防治中心」，同時注重「自殺者遺族」的情緒治療，獲得世界自殺防治協會的肯定。
1979年成立全台第一個新生兒加護病房
1987年於醫療資源貧乏的台東設立分院
因重視癌末與重症病人末期的安寧照護問題，在1990年代結合民間團體的力量，成立安寧照顧基金會，2000年也成功促成《安寧緩和醫療條例》順利通過，2006年推動急重症安寧療護，2008年發展第二代安寧病房研發創新各類疾病安寧照顧；為避免病人因為缺乏社會資源的支持而失去醫療的機會，也與民間團體配合成立兒童燙傷基金會、早產兒基金會，幫助病人及其家庭度過艱難的病程，給予心靈及醫療方面的協助。馬偕紀念醫院於安寧療護的努力已達二十年，服務超過12600人次。
本院積極參與國家衛生政策，善盡社會責任：配合政府政策進行癌症防治成果績優，在多項診療品質認證及防治計畫評核中屢獲佳績；針對兒虐、愛滋、燙傷、早產兒、性侵及家暴等特殊個案，提供各種會談與心理諮商、經濟補助與轉介服務；為善盡醫療中心之緊急救護責任，承接新北市衛生局感染症醫療防治體系H5N1流感防治演習，設置全國第一個戶外最大醫療救護站。
以愛人如己之精神服務民眾，於2006年榮獲《遠見》雜誌十大服務業服務品質調查醫學中心類第一名。
以台灣血型抗原及輸血醫學於國際研究獨領風騷，自1989年即從事全國醫院血庫的諮詢工作，為其他醫院血庫訓練中高級血庫技術人員及血庫負責醫師。
罕見疾病的醫療照顧團隊，成就傲視亞洲，罕病醫療金額占全國14%，其中黏多醣症、小胖威力、玻璃娃娃的收治病例數達全國第一。
小兒血液腫瘤的醫療照顧成績斐然，本院制訂「兒童急性骨髓性白血病 TPOG-97 A 新治療方案」並推行至全國，使全國兒童急性骨髓性白血病治癒率大幅提升。
子宮頸癌治療技術精進，率先發展早期病人之腹腔鏡執行子宮根除併骨盆腔淋巴結廓清手術，治療成效良好
致力於早產兒醫療服務，目前為台北地區低出生體重早產兒照護人數最多的醫學中心，率先為不足28周的早產兒施打「呼吸道融合細胞病毒單株抗體」(RSV)，並積極促成健保給付RSV疫苗施打。
學術論文發表篇數排名全國第五，並有多項專利申請獲准，如替換式造口袋、醫療用束胸衣、居家護理資訊管理系統，以及多種癌症治療藥物、新型檢驗方式、手術用具等。
醫學教育部成立實證醫學、教師培育及臨床技能訓練三大中心，推廣各項教學活動，培育醫學人才，落實全人醫學教育。98年以跨領域組隊參與第十屆醫療品質－實證醫學應用文獻查證競賽榮獲金獎殊榮
對於援助弱勢，馬偕紀念醫院一向不遺餘力，總在第一時間全力投入災區醫療及心靈安撫等工作，如1999年9月21日集集大地震，本院率先組織醫療團隊抵達埔里災區搶救傷患，員工捐款達一千萬以協助災後重建；SARS肆虐期間，發揮高度團隊合作精神，全力照料病人，為全國收容最多SARS病人的私立醫院，廣獲各界肯定；2009年莫拉克颱風侵襲南台灣，本院也持續派遣醫療團南下協助賑災。本院長期致力於社會公益、關懷弱勢、提供偏遠地區醫療服務，並於2009年獲頒第八屆國家公益獎。