1912年馬偕紀念醫院於中山北路現址擴建落成，第一期13層病房大樓於1980年12月26日百週年紀念日竣工，1983年8月6日第二期9層醫療行政大樓完工啟用，第三期大樓於1999年3月9日落成。員工數約3,400人，設有900床。門診平均每日約6,100人，急診平均每日約230人，住院平均每月約3,400人。
醫院緊急醫療能力分級評定為「重度責任醫院」，並設有外傷科，24小時有外傷小組之主治醫師在院待命，可即時處理重大外傷病人。院內各類加護病房共65床，包括內科加護病房25床、外科加護病房16床、心臟內科加護病房12床、心臟血管外科加護病12床，另有燙傷中心8床。
設有手術室27間，可進行各種重大手術如：癌症手術、心臟手術、外傷手術、達文西機械手臂手術等。另設有3間心導管室，可全天候進行心導管檢查與治療。
於2014年9月17日獲臺北市衛生局查核符合規定准予開業，並獲衛生福利部評定為兒童醫院評核合格（醫學中心）。員工數約420人，設有188床。門診平均每日約760人，急診平均每日約60人，住院平均每月約610人。
設有各類加護病房共35床，其中包含兒童加護病房12床，新生兒加護病房23床，也於2020年啟用骨髓移植病房2床。
1972年4月7日落成，1985年7月4日加建病房完工啟用，1986年9月2日新建醫療大樓落成。1994年12月1日綜合研究大樓落成。1998年4月27日安寧療護教育示範中心落成。2007年12月22日馬偕樓啟用。員工數約2,300人，設有963床，門診平均每日約1,950人，急診平均每日約160人，住院平均每月約2,550人。
醫院緊急醫療能力分級評定為「重度責任醫院」。設有外傷科處理重大外傷病人。各類加護病房共60床，包括內科加護病房29床、外科加護病房13床、神經科加護病房10床、兒童加護病房8床。
設有手術室17間，並有整合式手術室（Hybrid OR），可進行各種重大手術如：癌症手術、心臟手術、外傷手術、肝臟移植手術等。另設有1間心導管室，可全天候進行心導管檢查與治療。
為落實「哪裡有需要，就往哪裡去」的理念，1987年在醫療資源匱乏的臺東設立醫院。秉持「急症及時處理、重症在地醫治」的信念，讓臺東鄉親一旦罹患急重症不必外送，免去舟車勞頓之苦，2014年5月1日啟用恩典樓，為後山百姓提供更好的醫療服務。
醫院緊急醫療能力分級評定為「重度責任醫院」，並通過癌症診療品質認證。本院負擔臺東縣約六成以上的急診業務，無論是急性冠心症、腦中風及緊急外傷，均能提供最及時的判斷與處置，包括臺東唯一的緊急心導管手術、急性腦中風施以靜脈血栓溶解術，與緊急外傷手術等；而本院也擁有全縣約七成的加護病房，提供緊急重症醫療；同樣肩負婦女高危險妊娠醫療及重症病童的照顧。
員工數約1,200人，設有各類加護病房共49床，包括內科加護病房20床、外科加護病房12床、心臟內科加護病房10床、兒童加護病房7床。設有手術室8間，設備完善，可進行各種重大手術。擁有2間心導管室可24小時進行心導管檢查與治療，並有核子醫學檢查、血管攝影等多項臺東唯一的儀器及技術；2019年引進達文西手術系統，醫療邁入AI時代，提供臺東民眾更先進的醫療選擇。病床數共有506床。門診平均每日約1,500人，急診平均每日約120人，住院平均每月約1,400人次。
於2002年設立，以醫學中心級醫療儀器、醫學研究、臨床教育為民眾提供高品質及便利的醫療照護。落實醫療在地化特色，發展社區服務並以弱勢民眾為重點照護族群，於五峰鄉提供早療服務、居家安寧等山地醫療照護。
員工總數超過1,300人，設有超過480床。門診平均每日約2,710人，急診平均每日約216人，住院平均每月約2,085人。
醫院緊急醫療能力分級評定為「重度責任醫院」。設有各類加護病房共32床，包括內科加護病房22床、外科加護病房10床。手術室15間，設備完善，可進行各種重大手術；2間心導管室可24小時進行心導管檢查與治療，並且規劃PAC病房、癌症中心等。針對在地化之醫療服務強化，放射腫瘤科設有影像導引螺旋刀治療機、直線加速器、近接治療機與電腦斷層模擬定位儀，讓癌症患者免於路程奔波。
2019年導入竹苗地區第一台機械手臂達文西XI，在婦產科、泌尿外科、一般外科、胸腔外科、直腸外科等五個科系，正式走入機器人微創手術新里程。透過機器手臂進行更精準地切除、修復和縫合，有效降低手術風險；至今手術量已完成超過600例，深獲患者肯定。
新竹市立馬偕兒童醫院
馬偕體系持續深耕大新竹地區醫療服務，2017年與新竹市政府簽訂「新竹市馬偕兒童醫院BOT 案」；以「守護從受孕開始」作為起點及落實兒童醫療照護優先之理念，進行醫院設置規劃，致力守護桃竹苗地區兒童及婦女健康。
2022年11月1日起新竹市立馬偕兒童醫院開始正式營運，目前服務科別達25個專科。員工總數超過430人，設有超過200床。門診平均每日約778人，急診平均每日約120人，住院平均每月約740人。
設有生殖醫學中心、兒童發展聯合評估中心、生理檢查中心、電腦斷層等各項醫療設施。為新竹市政府衛生局指定之急救責任醫院，提供24小時兒科急診專科醫師服務。為衛生機關指定之家暴、性侵、兒虐診療機構，設有兒少保護小組進行服務品質提升，並與社政、衛政、司法單位聯繫。設置嬰兒病床25床、兒科加護病房14床、負壓隔離病房2床；持續進行桃竹苗地區新生兒24小時外接服務與擔任高危險妊娠孕產婦轉診後送醫院。
在空間上落實兒童友善醫療，與瑞信兒童醫療基金會合作設置四季之島，利用環境塑造，讓孩子產生熟悉與安心的氛圍，療癒的環境充滿探索、發現、學習、成長及生活等重要内涵，降低醫療過程引起的恐懼與壓力。