地址：台北市中山區中山北路二段９２號
【捷運】
捷運淡水線－雙連站(2號出口提供無障礙電梯，可延長電梯關門時間，
方便輪椅、年長者、孕婦、嬰兒車、攜帶大件行李及行動不便旅客搭乘)
【北淡往返交通車】
台北院區→淡水院區
【公車】
站名:國賓飯店
公車:40、220、261、636、638、659、1717
全線低地板無障礙公車:26、227、247、287、310
部分低地板無障礙公車:218、221、260
公車:40、220、261、636、638、659、1717
全線低地板無障礙公車:26、227、247、287、310
部分低地板無障礙公車:218、221、260
站名:馬偕醫院
公車:290、811、812、紅33
全線低地板無障礙公車:42、46
部分低地板無障礙公車:226、518
【開車】
1.由中山高速公路重慶北路交流道出口→左轉民族西路→右轉中山北路→右轉民生西路後第一條巷口右轉可進本院委外停車場。
2.由汐五高架道路於環河快速道路(環河北路)出口→左轉民族西路→右轉中山北路→右轉民生西路後第一條巷口右轉可進本院委外停車場。
◎城市車旅地下停車場(地址:臺北市中山區中山北路2段92號—馬偕紀念醫院外包地下停車場
城市商旅馬偕停車場說明
3.本院尖峰時間車位不足，為響應節能減碳愛地球，歡迎大家多多使用大眾運輸工具，或參考本院周邊停車資訊。
◎成淵高中地下停車場（地址：臺北市大同區承德路二段235號之1地下）
◎永盛公園地下停車場（地址：臺北市中山區中山北路2段93巷30號地下）
【婦幼暨無障礙車位】
本院停車場設置孕婦及育有六歲以下兒童專用停車位(12個)及無障礙車位(11個)供符合資格者停放。
地址：新北市淡水區民生路45號
【捷運】
淡水信義線－竹圍站：
- 1、2號月台樓梯後方提供無障礙電梯，方便輪椅、年長者、孕婦、嬰兒車、攜帶大件行李及行動不便旅客搭乘。
- 出口1左轉往淡水方向步行約10分鐘即可到達本院。
- 出口1右側搭乘捷運免費接駁車。
【北淡往返交通車】
淡水院區→台北院區
【捷運免費接駁車】(往返竹圍捷運站及淡水馬偕)
【公車】
站名：捷運竹圍站或馬偕醫院站或馬偕醫院站一
公車：308、756、757、821、837(區)、857、864、878、879、880、883、947、957、983、紅23。
【免費公車】
站名：馬偕醫院
公車：837(副線)、三芝區、石門區、八里區、五股區均有提供免費接駁公車，班次及時間請參考各區公所公告之發車時刻表。
【自行開車】
- (1).於五股交流道下或（台64線快速道路下）：五股交流道左轉新五路（五股一匝道出口下） → 成泰路三段 → 過關渡大橋 →往淡水方向 (接民權路) →第一個紅綠燈 →第二個紅綠燈(竹圍捷運站‧民族路) → 第三個 紅綠燈(民生路)右轉 → 恩典樓(民生路45號）
- (2).從台北市過來：承德路 → 大度路 → 過關渡大橋 →往淡水方向(接民權路) →第一個紅綠燈 → 第二個紅綠燈(竹圍捷運站‧民族路) → 第三個紅綠燈(民生路)右轉 →恩典樓(民生路45號)
- (3).或過竹圍捷運站往淡水方向約50公尺 → 馬偕樓(民權路47號)
- (4).本院汽車停車位共349個，若尖峰時間車位不足，可參考本院周邊停車資訊如下：
@淡水民生立體停車場
網址連結
(連結目前取消)
【婦幼暨無障礙車位】
本院停車場設置孕婦及育有六歲以下兒童專用停車位(8個)及無障礙車位(8個)供符合資格者停放。