本院的使命、願景及核心價值，本著信仰與關懷弱勢兒童的初衷，透過治理團隊與經營團隊溝通形成共識，導入平衡計分卡做為策略管理工具，將經營策略聚焦於發展核心醫療、運用智慧醫療、照護弱勢族群、鼓勵研發創新、培育照護專才。

透過院內滿意度、需求調查及疾病分析，瞭解病童、社區及員工的需要。並藉由經營策略管理等工具，將病童需求特性規劃並落實計畫執行。
藉由功能式委員會及管理小組的設立，建置完備的經營管理機制，進行有效運作，落實監督執行、資源有效分配，落實以兒童為中心之照護文化，實踐耶穌基督對兒童的關注及疼愛，提供身心靈完整醫治之使命。
經營團隊堅持以「感恩」、「專注」、「熱誠」、「謙卑」、「信心」、「真愛」、「喜樂」、「真誠」、「創新」、「堅毅」、「寬容」及「分享」等十二項馬偕美德勇於面對環境挑戰，以創新的思維，持續開創符合病童需要的醫療。
一步一腳印，馬偕兒童醫院持續努力，通過衛生福利部國民健康署「青少年親善機構認證」、COVID-19防疫有功獎肯定。馬偕醫療體系並榮獲衛生福利部110年度醫療財團法人辦理醫療法第46條規定事項績效卓著獎勵計畫之分類傑出獎「醫療社會服務獎」以及特色傑出獎「健康教育獎」二項殊榮。
 

員工為本院最寶貴的資產。透過建置完整的人事管理制度、教育訓練計畫及健康支持系統，使員工的權益、繼續教育及心聲得以受到應有的重視及合理的保障。鼓勵員工參與院外各職系學會、繼續教育及研討會等課程，以強化員工於執行醫療專業服務之需求。近來更加強各職系於兒童照護之專業訓練。
為員工提供多元化的意見表達管道及心理支持系統。每年進行員工滿意度調查、並於醫院網頁提供管道，協助處理員工對醫院及工作上的意見及建議。透過院牧部主持的「協談中心」及舉辦年度靈修活動，協助員工調適壓力，使其獲得心理支持及輔導。除此之外，員工福利促進會受理員工之申訴案件，協助員工排解並爭取應有之權益；疫情期間亦透過E-mail、馬偕醫家人Line@群組持續關懷員工。

本院醫療品質作業以持續性之品質改進(CQI)及全面性品質管理(TQM)為工作理念，各項品質活動以兒童為中心研擬與改善。為提升病人安全及醫療品質，將醫品及病安活動轉化為適當指標有效管理，透過醫療品質指標計畫(Quality Indicator Project，簡稱QIP)、台灣臨床成效指標計畫(Taiwan Clinical Performance Indicator, TCPI)等外部指標計畫參與，與內部臨床照護指標推動檢討，持續精進品質。
依據衛福部年度病人安全工作目標，制定兒醫醫療安全計畫及年度工作計畫具體執行與定期監測，確保兒童醫療安全。積極「醫療品質提升競賽活動」，參加國家醫療品質獎(NHQA)、臺灣醫療品質協會醫療品質競賽、台北市衛生局提升提案獎勵計畫銀獎，年年皆獲佳績；兒童遺傳科以「罕見疾病之跨領域全人醫療照護團隊」、和兒童血液腫瘤科以「-兒童急性白血病跨領域團隊治療」，雙雙榮獲生策會SNQ國家品質標章銀獎殊榮。
本院亦積極推廣醫病共享決策(Shared Decision Making, SDM)，於醫療決策前提供病童與家屬所有可考量的選擇，透過醫病共享決策輔助工具利用圖形化的說明及互動，以病人能夠理解的方式溝通，形成醫療決策共識，提升醫療品質與促進醫病關係。