淡水馬偕中醫部於2020年5月4日恩典樓1樓正式啟用，5月11日門診開診，規劃完整舒適就診空間與動線，台北淡水團隊陣容有專任醫師13人、兼任醫師5人，由部主任陳光偉副教授帶領，分為中醫內科、中醫婦兒科、針灸科、骨傷科等四科，設置無痛雷射針灸儀、遠紅外線及脈診儀等儀器，提供即飲包品項等多項服務，針對全方位體質藥物調理、骨骼肌肉疾病及腦中風、脊髓損傷後遺症等多方面診治。配合衛福部相關現行健保試辦計畫包括：門診、住院會診服務，改善癌症病人因藥物或放化療帶來的不適，如口乾、癌因性疲憊或荷爾蒙失調等副作用。針對腦血管疾病、顱腦損傷及脊髓損傷患者，復原期結合中醫透過針灸治療，達神經學功能及日常生活能力改善。透過中醫輔助產前後調理，提升婦女受孕、保胎率。針對兒童患有氣喘或鼻過敏者，中醫輔助減少過敏性鼻炎及相關併發症，進一步改善學童的學習成效。配合中醫急診計畫，急診可會診中醫服務。透過中醫師及西醫師聯合診治，提供住院會診及共同照護服務，致力於傳統與現代取得平衡，提供病人更完整、全面性的醫療照護。

馬偕中醫部團隊成員，除致力於臨床工作外，進修與教學服務亦不遺餘力，依專長至西醫部門受訓交流與合作研究計畫，重視中醫藥實證醫學、臨床療效及交互作用，將中醫納入臨床照護體系，深化了馬偕博士的「身心靈全人醫治」精神，讓身處現今高齡化、少子化的社會，藉由醫學中心的資源與臨床經驗中西醫互補有餘，以期突破及擴展未來疾病治療趨勢，朝向成為北部首座中醫急診及發展中醫精準醫療中心為目標。