本院小兒科成立於民國48年，多年來秉著馬偕博士的精神，以服務、醫療與傳道為宗旨。從民國54年起，開始肩負台北醫學院、高雄醫學院及往後之中國醫藥學院、中山醫學院等之實習醫師的教學任務；近幾年更進一步重視研究發展以提升學術水準。由於逐年來病床的增加，設備的更新與添置，人才的培植及延攬，早已是國內最具規模的小兒科之一。

    目前科內細分為新生兒科、小兒血液腫瘤科、小兒過敏免疫科、小兒神經科、小兒感染科、小兒腎臟科、小兒腸胃科、小兒心臟科、小兒內分泌科、小兒遺傳科共十個次專科；每一次專科均有專科醫師一至數人。另有小兒外科、小兒心臟外科、小兒放射科、小兒骨科、小兒耳鼻喉科、小兒眼科、小兒精神科主治醫師，予本科極大協助。

    科內現共有病床278床，主治醫師26位 ( 含淡水分院，此外台東分院另外有3位主治醫師 )，住院醫師56位，此外也代訓其他醫院派來的醫師。

    本科日常醫療工作可分為門診及病房兩大方面。門診工作包括普通門診、健兒門診、專科門診與24小時服務的急診。病房工作分為嬰兒室、新生兒病房、兒童病房、新生兒加護病房、小兒加護病房與小兒外科病房。本科為全國首先專設危險病兒轉送制度之小兒科，派資深住院醫師到婦產科醫院，急救高危險新生兒，並轉送來院治療。